デフォルトでは「相対パス」になっていました。
相対パスではQGISファイル（プロジェクトファイル）を別のフォルダーにコピーできません。
QGISファイル（プロジェクトファイル）を後日どこにあるのか探す手間を避けるため、私の場合作業や興味の分野と関係なく特定のフォルダーに集めてあります。
しかしいろいろな事情でそのQGISファイルを別の場所にコピーしておき、そこから利用したくなることも多々あります。
保存パスを「相対パス」にしておくと、そうした利用（QGISファイルをパソコン内フォルダーの各所にコピーしておき、そのフォルダーから利用する）ができません。
保存パスを「絶対パス」にしたので、自分の場合は操作自由度が増しました。
